Kota Tinggi (GPS: 1.72877, 103.89911) adalah sebuah bandar Daerah Kota Tinggi District. Ia juga pusat pentadbiran daerah tersebut. Bandar Kota Tinggi terletak 42 km ke sebelah timurlaut bandaraya Johor Bahru. Bandar ini adalah penempatan Melayu sejak abad ke-17 dan merupakan satu daripada tempat yang digunakan oleh Sultan Mahmud Shah, sultan Melaka yang terakhir, dalam cubaan merampas kembali pemerintahannya di Melaka. Keturunan baginda akhirnya mengasas Kesultanan Johor.
Berdekatan dengan Kota Tinggi adalah tempat-tempat seperti Pekan Tua, Batu Sawar, Makam Tauhid and Johor Lama, kesemuanya pada suatu masa dahulu pernah menjadi pusat pentadbiran Kesultanan Johor yang lama. Di Kota Tinggi terdapat beberapa makam bersejarah termasuk yang paling mashyur, yakni Makam Sultan Mahmud Shah II di Kampung Makam, di sebelah timur bandar.
Sultan Mahmud Shah II 1685-1699) adalah sultan terakhir dari keturunan Kesultanan Melaka. Baginda adalah seorang pemerintah yang kejam. Disebabkan kezaliman baginda, Sultan Mahmud Shah II akhirnya telah dibunuh oleh hulubalang baginda sendiri, iaitu Laksamana Megat Sri Rama, apabila baginda bersemayam di julang. Hasil kemangkatan baginda dalam cara yang begitu dahsyat, baginda telah digelar Sultan Mahmud Mangkat Di Julang. Laksamana Megat Sri Rama sendiri dimakamkan di Kampung Kelantan, yang terletak di sebelah barat Kota Tinggi.
Lokasi Kota Tinggi pada tebing Sungai Johor, iaitu satu-satunya sungai yang paling lebar di Johor, adalah kedudukan yang mudah dilanda banjir. Pada bulan November dan December 2006, Kota Tinggi telah dilanda banjir besar yang juga melanda Melaka, Pahang dan Negeri Sembilan.