Johor Lama (GPS: 1.58122, 104.02009) adalah ibu negeri Kesultanan Johor yang lama. Pada zaman sekarang, ia terletak di Daerah Kota Tinggi, lebihkurang 27km ke selatan bandar Kota Tinggi.
Setelah diusir dari Melaka, Sultan Mahmud telah melarikan diri ke beberapa tempat di Kepulauan Malay archipelago dan akhirnya mangkat di Kampar, Sumatra. Putera baginda, Sultan Alauddin Riayat kembali ke semenanjung, dan mengasaskan kediamannya di Pekan Tua, pada tebing Sungai Johor. Ini berlaku pada kira-kira tahun 1530.
Kubu Johor yang lama telah dibina di sini untuk pertahanan. Dari tempat ini, Kesultanan Johor yang baru itu telah melancarkan serangan ke atas pihak Portugis di Melaka, tetapi menghadapi tentangan hebat. Namun, angkatan Aceh yang memberi serangan yang kuat ke atas kuasa Johor Lama. Pada tahun 1564, tentera Aceh telah menyerang Johor Lama dan menangkap Sultan Alauddin dan membawanya kembali ke Acheh.
Dengan terjatuhnya Johor Lama, ibu negeri Kesultanan Johor telah berpindah ke bahagian hulu, ke Batu Sawar, yang dekat dengan bandar Kota Tinggi. Di Batu Sawar, Johor telah membuat perjanjian dengan pihak Belanda untuk berpakat menentang Portugis.
Hari ini Kubu Johor Lama boleh dikunjung sebagai sebahagian daripada Kompleks Sejarah Kota Johor Lama.